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1908年，俄羅斯諾貝爾獎獲得者Elie Metchnikoff指出，食用含有乳酸菌的發(fā)酵乳制品能夠促進健康和延長壽命。他認為，這些乳酸菌伴隨食物進入人體腸道，抑制了有害菌的作用。因此，Elie Metchnikoff通常被認為是.早的“益生菌”概念提出者。

1965年，Lilly D. M.和Stillwell R. H.在Science雜志上發(fā)表的論文中，..使用了“Probiotic”并提出.早的科學定義，益生菌能促進其他微生物生長作用。

2001年，世界糧農(nóng)組織（FAO）和世界衛(wèi)生組織（WHO）對益生菌的定義: 益生菌是活的微生物，當攝入充足的數(shù)量時，對宿主產(chǎn)生健康益處。

2014年，國際益生菌與益生元科學協(xié)會（ISAPP）發(fā)表的共識繼續(xù)認可FAO/WHO的定義，并強調(diào)了益生菌菌株鑒定和安全性評價的重要性，只有在進行分離鑒定、安全評價及功能試驗之后符合益生菌概念的，才能稱為益生菌。

2019年5月，中國營養(yǎng)學會益生菌益生元與健康分會發(fā)布了《益生菌與健康..共識》。益生菌特指食品中的有益微生物，發(fā)酵食品中的微生物、腸道中的有益菌、糞菌移植物及相關制品不屬于當前益生菌概念。

該定義指出益生菌應具有以下方面: 益生菌必須是活的微生物，益生菌必須經(jīng)過安全評價且證明是安全的，益生菌的有益作用必須有充足的證據(jù)，益生菌的健康作用具有菌株特異性并且與其劑量有關。